酵母菌广泛分布于自然界，尤其在葡萄及其他各种果品和蔬菜上更多。比如生产上常用的面包酵母、饲料酵母、酒精酵母和葡萄酒酵母等。酵母菌是重要的发酵素，能分解碳水化合物产生酒精和二氧化碳等。
酵母菌是真菌。最常见的真菌是各类蕈类和霉菌以及酵母。常见的大型真菌还有香菇、草菇、金针菇、双孢蘑菇、平菇、木耳、银耳、竹荪、羊肚菌等。
另外还有在发酵工业上，可用来发酵生产酒精或药用酵母的啤酒酵母，它也可通过菌体的综合利用提取凝血质、麦角固醇、卵磷脂、辅酶甲与细胞色素丙等产品。还有可制红曲、酿制红乳腐和生产糖化酶等的红曲霉素。