合作医疗的全称是新型农村合作医疗保险，是在群众自愿互助的基础上，依靠集体经济，在防病治病上实行互济互助的一种福利性质的医疗制度；社保是具有所得重分配功能的非营利性的社会安全制度，两者的具体区别如下：
覆盖的对象不同
合作医疗只有农民才可以参加，而且是必须以家庭为单位整户参加；社保是国家为了补偿劳动者因疾病风险遭受经济损失而建立一项社会保险制度。
缴纳方式不同
合作医疗是农民自愿参加；社保是用人单位和职工共同缴纳的，是强制性的。
待遇不同
新型农村合作医疗费用补助，在不同级别的医疗机构补助费用也是不同的；社保的参保人除了享受个人账户费用门诊包干，还可以享受住院医疗。
特点不同
合作医疗是符合我国农村实际情况的医疗制度，是以大病统筹为重点的医疗制度，是带有互助性质的合作医疗制度。社保具有保障性、普遍性、互助性、强制性、福利性的特点。