太阳大气层内由内到外的排列顺序为光球层、色球层以及最外面是日冕层。
太阳大气的温度在光球500km之上的色球边缘温度最低约4500摄氏度，然后随高度增长，在过渡区温度迅速增长，在10000km高度的日冕区底层边界，温度已达到10的6次方摄氏度以上。
通常所说的太阳的内部结构指的是光球层以下的对流区、福射区和日核这三个部分。而太阳大气指的则是从光球层往上一直到日晃的广袤区域。由于观测手段能够直接观测到显著活动的区域仅限于太阳大气的部分，对太阳内部结构和活动还不甚了解。
相比之下，对太阳大气的了解则要多得多。在以上分层结构的基础上，通常研究太阳活动的时候，把太阳大气中的区域分为三个大类：宁静区、晃洞、活动区。